Desinfektion soll die Zahl beziehungsweise Aktivität von Krankheitserregern gezielt reduzieren. In der Imkerei betrifft sie Geräte, Oberflächen und bestimmtes Material. Eine gründliche Reinigung ist meist die notwendige Voraussetzung. Das Verfahren muss zum Erreger und zum Werkstoff passen. Nicht jede Methode wirkt gegen widerstandsfähige Sporen ausreichend. Bei Seuchenfällen gelten die Vorgaben der zuständigen Behörden.